隨著紫外線消毒技術的完善，以及人們對用水衛生標準的提高，紫外線消毒器用途越來越廣泛，已被運用于各類水體的殺菌消毒。其主要的工作原理是利用紫外線有效破壞微生物的DNA和RNA，從而有效殺滅水中的病毒、細菌等微生物。
1.自來水/飲用水的殺菌消毒
新的生活飲用水衛生標準要求，居民的生活用水中的微生物指標由2項增至6項，增加了大腸埃希氏菌、耐熱大腸菌群、賈第鞭毛蟲和隱孢子蟲；修訂了總大腸菌群。然而傳統的消毒并不能殺滅隱孢子和大腸桿菌，而紫外線消毒器可以有效殺滅這些微生物，使飲用水達到衛生標準。
用于自來水或者飲用水殺菌消毒一般安裝于自來水廠，或者小區、學校、寫字樓、食品廠、飲料廠等供水區域，安裝和使用
2.井水的殺菌消毒
農村井水、自來水的殺菌消毒可以采用小型號的，安裝方便，維護簡單，可以有效提高農村生活用水的衛生標準
3.污水的殺菌處理
用于污水殺菌消毒的明渠式、自動清洗型、大流量紫外線消毒器可以有效殺滅污水中的各類病毒、細菌等微生物，已到達排放的生物安全標準。它適用于市政污水、工業污水、生活污水、醫用污水等各類污水的殺菌消毒。
紫外線消毒器用途廣泛，殺菌高效，成本較低，安裝和維護都十分方便，是現代水體殺菌的安全專業設備。
