紫外線殺菌器工藝具有其他消毒工藝所*的優勢，克服了現有傳統消毒技術的缺點。歐洲許多國家以及北美的加拿大和美國已在九十年代分別修改了環境立法，在廢水處理后的消毒，以及飲用水的消毒上，推薦采用紫外線消毒技術。紫外線殺菌器的優勢主要表現在：
(1)
紫外線殺菌器技術具有較高的殺菌效率，運行安全可靠。紫外線消毒對細菌和病毒等具有較高的滅活效率并且由于不投加任何化學藥劑，因此它不會對水體和周圍環境產生二次污染。
(2) 對隱孢子蟲和賈第蟲有消毒效果，常規的氯消毒工藝對隱孢子蟲和賈第蟲的滅活效果很低，并且在較高的氯投量下會產生大量的消毒副產物，而紫外線消毒在較低的紫外線劑量下對隱孢子蟲和賈第蟲就可以達到較高的滅活效果。
(3) 不產生有毒有害副產物，不增加飲用水的TOC含量。紫外線消毒不改變有機物的特性，并且由于不投加化學藥劑，不會產生對人體有害的副產物，并且不會增加TOC和BOD等損害管網水生物穩定性的副產物。
(4) 能降低臭味和降解微量有機物，紫外線對水中多種微量有機物具有一定的降解能力，并且能夠降低水的臭和味。
(5) 紫外線殺菌器占地面積小，運行維護簡單、費用低。對每天5萬噸污水用氯消毒來說，需建有一個130米長、3米寬的接觸渠。采用紫外線消毒只需20米長3米寬的面積；紫外線消毒運行維護簡單，運行成本低，可達每噸水僅4厘人民幣甚至更低，其性能價格比具有很大優勢。
(6) 消毒效果受水溫、pH影響小。
紫外線殺菌器技術在工程應用中也存在一定的缺點，主要有以下幾個方面：
(1) 無持續殺菌能力，消毒后的水如果遇到新的污染源，會再次被污染，需與氯配合使用；
(2) 濁度及水中懸浮物對紫外殺菌有較大影響，降低消毒效果；
(3) 紫外燈套管容易結垢，影響紫外光的透出和殺菌效果，因此需要對套管進行定期的清洗以及采取表面降溫措施來防止管垢的形成；
(4) 細菌的復活現象，一些細菌被紫外照射失活的病毒細菌可通過光的協助修復自身被破壞的組織，達到復活目的，另外一些細菌可能存在著暗復活現象(無需光照)；
(5) 國內使用經驗少，在國內，雖然工程上已經逐漸開始使用紫外線系統，但是對于紫外線消毒技術的研究并沒有*開展起來，對于紫外線消毒的應用也還存在較多問題。
